种子清选处理是实现花卉工厂化育苗的关键性技术之一，清选是为清除种子中的夹杂物，如鳞片、果皮、果柄、枝叶、碎片、瘪粒、病粒、土粒、其它植物的种子等，以便于播种的顺利进行。一般少量种子可用手选。种子量比较多时可用风选、筛选和水选。
        1．风选：适用于中小粒种子，利用风、簸箕或簸扬机净种。少量种子可用簸箕扬去杂物。
        2．筛选：用不同大小孔径的筛子，将大于小于种子的夹杂物除去，再用其它方法将与种子大小等同的杂物除去。筛选可以清除一部分小粒的杂质，还可以用不同筛孔的筛子把不同大小的种粒分级。由于种子的大小不同，种子的发芽出苗能力不同，幼苗的生长势也不同。种子分级播种，即把大小一致的种子分别播种，可保证花卉的幼苗发芽出苗整齐，生长势一致，便于管理。实践证明，在同一来源的种子中，种子粒越大越重者，幼苗越健壮，苗子的素质越好。将同级的种进行播种，出苗的速度整齐一致，苗木的生长发育均匀，分化现象少。分级工作通常与净种同时进行，亦可采用风选、筛选及粒选方法等进行。
        3．水选：一般用于大而重的种子，如栎类、豆科植物的种子，利用水的浮力，使杂物及空瘪种子漂出，饱满的种子留于下面。水选一般用盐水或黄泥水，其比重为1．1～1．25 克／cm 3 ，把漂浮在上面的瘪粒和杂质捞出。水选后可进行浸种。水选后的种子不能曝晒，要阴干，同时，水选的时间不宜过长。